"Di samping itu, Undang-Undang 31/1997 dibentuk dalam konteks ketatanegaraan sebelum era reformasi ketika UUD 1945 belum mengalami perubahan, yang kemudian setelah adanya perubahan konstitusi atau UUD NRI Tahun 1945 dilakukan penguatan terhadap prinsip negara hukum, kemerdekaan kekuasaan kehakiman, persamaan di hadapan hukum, serta berbagai jaminan hak konstitusional warga negara," kata hakim Konstitusi Enny Nurbaningsih.
"Terlebih lagi secara faktual berkenaan dengan pengertian dan implementasi pemaknaan tindak pidana umum dan tindak pidana militer yang dilakukan oleh prajurit TNI acap kali memiliki tafsir yang tidak tunggal, sehingga hal ini juga menjadi permasalahan yang krusial dalam proses penerapan hukum acara dan kewenangan badan peradilan yang tepat memiliki yurisdiksi untuk mengadili tindak pidana yang bersangkutan," lanjut hakim.
MK menyatakan pertimbangan putusan ini tidak hanya berkaitan dengan definisi atau pengertian frasa 'tindak pidana' yang dinilai menimbulkan persoalan konstitusionalitas. MK menyebut hal-hal lain diatur dalam Undang-Undang 31/1997 juga harus dilakukan penataan ulang akibat dari perubahan UUD 1945.
1. Mengabulkan permohonan para Pemohon untuk seluruhnya;2. Menyatakan Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer bertentangan dengan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dilakukan perubahan dalam jangka waktu paling lama 2 (dua) tahun sejak putusan a quo diucapkan;3. Menyatakan apabila dalam jangka waktu paling lama 2 (dua) tahun sejak putusan a quo diucapkan, pembentuk undang-undang tidak melakukan perubahan, maka Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer adalah bertentangan dengan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat;4. Memerintahkan pemuatan putusan ini dalam Berita Negara Republik Indonesia sebagaimana mestinya.