Sesi tersebut juga diwarnai insiden kecelakaan yang dialami Aldeguer dan Ai Ogura dari SuperFile Trackhouse, serta rookie Diogo Moreira (Pro Honda LCR). Ketiganya dilaporkan tidak mengalami cedera.
Selain itu, insiden lain juga melibatkan Francesco "Pecco" Bagnaia (Ducati Lenovo Team) dan Toprak Razgatlioglu (Prima Pramac Yamaha). Meski begitu, hasil investigasi FIM MotoGP Steward Panel menyatakan bahwa tidak ada tindakan lebih lanjut mengenai insiden itu.
Rangkaian kegiatan kelas MotoGP berlanjut dengan sesi practice pada Jumat sore. Sesi tersebut menjadi kesempatan bagi para pembalap untuk memperbaiki catatan waktu dan mempersiapkan diri menghadapi kualifikasi serta Sprint pada Sabtu (10/10). Sementara balapan utama Grand Prix Indonesia 2026 berlangsung pada Minggu (11/10).
