Terdapat sejumlah pertimbangan seperti sumber daya yang lengkap, referensi dan rujukan ilmiah melimpah, apalagi pesantren memiliki etape sejarah panjang di pendidikan maupun sejarah bangsa Indonesia.
βSeharusnya pesantren menjadi bagian organik dari pendidikan tinggi keagamaan Islam. Karena secara historis, pesantren lahir terlebih dahulu, baru muncul madrasah pada awal abad 20 (sebagai respons terhadap sistem persekolahan yang diintrodusir penjajah Belanda), kemudian lahir perguruan tinggi Islam 1960-an,β kata dia.
Mastuki menyayangkan kajian kepesantrenan di UIN, IAIN, dan STAIN masih sangat terbatas. Beberapa UIN memang memiliki pusat studi kepesantrenan, namun aktivitasnya belum mengungkap kekayaan pesantren yang begitu besar.
Ia berharap UIN atau PTKI lainnya sedikit agresif untuk membuka prodi kepesantrenan.