Prabowo kemudian mengisi sejumlah jabatan baru. Namun, saat itu masih terdapat kursi menteri yang kosong, yakni Menteri Koordinator Politik dan Keamanan serta Menteri Pemuda dan Olahraga.

Berikut daftar pejabat yang dilantik:

Reshuffle ketiga berlangsung pada 17 September 2025. Perombakan ini mengisi kursi Menteri Koordinator Politik dan Keamanan serta Menteri Pemuda dan Olahraga yang sebelumnya kosong.

Prabowo juga mengisi posisi Wakil Menteri Ketenagakerjaan yang ditinggalkan Immanuel Ebenezer setelah terseret kasus korupsi di KPK. Selain itu, Prabowo mengganti Kepala Badan Komunikasi Pemerintah atau PCO.

Berikut daftar pejabat yang dilantik Prabowo pada 17 September 2025:

Pada 8 Oktober 2025, Prabowo kembali melakukan perombakan sejumlah posisi pemerintahan. Kali ini, Prabowo melantik Wakil Menteri Dalam Negeri, Wakil Menteri Kesehatan, serta dua Asisten Khusus Presiden.

Berikut daftar pejabat yang dilantik:

Pada hari yang sama, Prabowo juga membentuk Komite Eksekutif Percepatan Pembangunan Otonomi Khusus Papua. Prabowo menunjuk Velix Wanggai sebagai ketua komite tersebut.