Babak penyisian yang terdiri dari 12 grup dibagi menjadi dua wilayah yaitu barat dan timur dengan empat zona (Zona Timur 1 dan 2 serta Zona Barat 1 dan 2) dengan setiap zona mempertemukan sembilan klub.

Enam pemenang dari fase gugur akan lanjut ke perempat final bersama Persib dan Borneo. Penentuan matchup dan status tuan rumah di fase tersebut melalui proses pengundian.

League Cup juga memiliki limitasi karena mempertimbangkan aspek keamanan, sehingga klub-klub seperti PSS Sleman dan PSIM, Persija dan Persis Solo, Arema FC dan Persebaya FC secara otomatis tidak akan berada di dalam satu grup.