Munoz nyaris tidak terbendung sebelum Ryusei Yamanaka melampaui catatan waktunya di menit-menit akhir. Yamanaka memastikan posisi terdepan usai mengemas 1 menit 55,676 detik unggul 0,033 dari Munoz di belakangnya.

Alvaro Carpe menempati posisi ketiga di depan Valentin Perrone. Pemimpin klasemen Maximo Quiles melengkapi lima besar Free Practice Moto3 Jepang 2026.

Veda Ega Pratama tak membuat kemajuan signifikan di sesi ini. Veda sempat melorot ke posisi 22, lalu naik ke-17 sebelum mengakhiri latihan bebas pertama ini di posisi 16 dengan jarak 1,067 detik dari Yamanaka.