Kualifikasi MotoGP kemudian berlangsung mulai 15.50 WIB, terbagi ke dalam Q1 dan Q2. Sesi ini akan menentukan posisi start untuk Sprint dan balapan utama.

Puncaknya, Sprint MotoGP San Marino digelar pukul 20.00 WIB. Balapan tersebut berlangsung selama 13 lap.