Namun, kedamaian yang baru saja mekar itu mendadak sirna saat malapetaka baru kembali menerjang. Entitas purbakala nan mengerikan yang dikenal sebagai King Ghidorah alias Monster Zero mendadak muncul dan meratakan berbagai kota.
Kehadiran King Ghidorah pun menimbulkan kehancuran parah di kawasan Matsumoto.
Ancaman tak berhenti sampai di situ. Godzilla yang sempat lumpuh rupanya berhasil meregenerasi sel-sel tubuhnya dan kembali muncul ke permukaan dalam wujud yang jauh lebih besar dan buas demi memburu monster rivalnya tersebut.
Pusaran pertempuran dua raksasa ini memaksa Kōichi dan rekan-rekan perjuangannya yang tersisa untuk kembali turun untuk berhadapan dengan situasi yang lebih mencekam daripada sebelumnya.
Mereka terpaksa mempertaruhkan sisa hidup dalam pertahanan terakhir umat manusia, mengingat dalam pertempuran kali ini tidak ada lagi kesempatan ketiga.
