Dalam catatan sejarah militer, dia merupakan Ketua Dewan Kehormatan Perwira (DKP) yang memeriksa Prabowo (kala itu berpangkat Letnan Jenderal yang memimpin Kostrad) pascaperistiwa 1998. Keputusan DKP itu mengakhiri karier militer Prabowo.
Walaupun demikian, hubungan Subagyo dan Prabowo tetap baik. Termasuk saat almarhum mendoakan Prabowo yang mantan bawahannya saat memimpin Kopassus TNI AD itu untuk memenangi Pemilihan Umum Presiden (Pilpres) 2024.
"Mas Bowo harus jadi Presiden. Kali ini harus jadi dan harus menang," Subagyo HS saat dikunjungi Prabowo, Minggu (8/5/2022).
"Mas Bagyo juga agar semangat dan sehat selalu. Nanti kita reuni Mas sama teman-teman purnawirawan," jawab Prabowo kala itu.
Subagyo adalah Danjen Kopassus yang membawahi Prabowo salah satunya. Setelah itu, pada 1995, Prabowo yang menjadi Danjen Kopassus menggantikan Subagyo.
Di luar militer, Subagyo pernah menjabat Ketua Umum Persatuan Bulutangkis Seluruh Indonesia (PBSI) periode 1997-2001 dan anggota Wantimpres pada 2015-2019. Ia juga dikenal memiliki hubungan dengan Prabowo Subianto, yang pernah menggantikannya sebagai Danjen Kopassus pada 1995.
