Selama di penjara, Napoleon juga terlibat kasus penganiayaan terhadap terdakwa kasus penistaan agama Muhammad Kace.

Majelis Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menjatuhkan vonis berupa hukuman lima bulan dan 15 hari penjara terhadap Mantan Kadivhubinter Polri Irjen Napoleon Bonaparte.

Vonis diberikan lantaran Napoleon terbukti melumuri Muhammad Kace dengan tinja saat berada di Rutan Bareskrim Polri, 2021 lalu.