Setelah tragedi Tampomas II, kecelakaan lain kembali tercatat. Pada 29 Desember 2006, KM Senopati Nusantara mengalami musibah saat berlayar dari Kumai menuju Semarang. Kapal tersebut membawa 628 orang.
Tak hanya kapal, kecelakaan pesawat juga pernah terjadi di kawasan yang bersinggungan dengan Masalembo. Pada 1 Januari 2007, Adam Air Penerbangan 574 rute Jakarta-Surabaya-Manado hilang kontak. Pesawat tersebut membawa 102 orang dan seluruhnya meninggal dunia.
Disusul sejumlah kecelakaan lain yakni tiga kampal tenggelam beruntun pada 2007, kapal kargo karam pada 2008, kecelakaan KM Teratai Prima 2009, KMP Mutiara Sentosa I terbakar di tahun 2017, hingga terbaru kecelakaan KM Virgo Transport 8.
Masalembo sendiri berada di kawasan pertemuan Laut Jawa dan Selat Makassar. Arus di Laut Jawa dipengaruhi musim, sementara dari arah Selat Makassar terdapat Arus Lintas Indonesia atau Arlindo. Kombinasi angin, arus, gelombang, dan perubahan cuaca dapat membuat kondisi laut berubah cepat.
