MK juga menyinggung prinsip impunitas atau keadaan ketika pelaku pelanggaran tidak dapat atau tidak secara efektif dimintai pertanggungjawaban. Menurut MK, semakin jauh suatu tindak pidana dari karakter khusus kemiliteran, semakin lemah pula alasan untuk mempertahankannya dalam yurisdiksi peradilan militer.
"Oleh karena itu, pembatasan yurisdiksi peradilan militer bukan dimaksudkan untuk mengurangi kedudukan peradilan militer sebagai bagian dari kekuasaan kehakiman, melainkan untuk memastikan bahwa kekhususannya digunakan hanya terhadap perkara yang memang memiliki karakter militer. Sebaliknya, terhadap tindak pidana umum yang dilakukan oleh prajurit TNI, penggunaan peradilan umum sejalan dengan kebutuhan untuk menjamin akuntabilitas, independensi, dan mencegah risiko impunitas," ujar Enny.
MK mengatakan pembentuk UU harus segera melakukan pembentukan UU Peradilan Militer baru. Berikut amar putusan lengkap MK:
1. Mengabulkan permohonan para Pemohon untuk seluruhnya;2. Menyatakan Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer bertentangan dengan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat secara bersyarat sepanjang tidak dilakukan perubahan dalam jangka waktu paling lama 2 tahun sejak putusan a quo diucapkan;3. Menyatakan apabila dalam jangka waktu paling lama 2 tahun sejak putusan a quo diucapkan, pembentuk undang-undang tidak melakukan perubahan, maka Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer adalah bertentangan dengan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat;4. Memerintahkan pemuatan putusan ini dalam Berita Negara Republik Indonesia sebagaimana mestinya.
