Selain mengembangkan jaringan pendidikan formal, Alkhairaat juga memiliki jaringan pondok pesantren yang tersebar di delapan wilayah. Sulawesi Tengah menjadi provinsi dengan jumlah pondok pesantren terbanyak, yakni 16 unit.
Gorontalo menempati posisi berikutnya dengan lima unit pondok pesantren. Sementara itu, Sulawesi Utara, Kalimantan Timur, serta Maluku dan Maluku Utara masing-masing memiliki empat unit.
Jaringan pondok pesantren Alkhairaat juga terdapat di Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara, dan Kalimantan Selatan, yang masing-masing memiliki satu unit.
Berdasarkan data tersebut, jumlah pondok pesantren Alkhairaat di seluruh wilayah yang tercantum mencapai 36 unit.
Dominasi Sulawesi Tengah dalam sebaran sekolah, madrasah, dan pondok pesantren menunjukkan posisi penting provinsi tersebut dalam jaringan pendidikan Alkhairaat. Keberadaan lembaga-lembaga itu menjadi bagian dari penyelenggaraan pendidikan dan pengembangan sumber daya manusia, khususnya melalui pendidikan berbasis keagamaan.
