Militer Amerika Serikat yang tiba di lokasi sempat bersiap menggempur Godzilla, sebelum akhirnya mereka menerima komando untuk mundur.
Di tengah kekacauan pascapertarungan, Koichi sempat menodongkan senjata ke arah Murakami demi memuluskan pelariannya bersama Noriko. Namun, terungkap bahwa Murakami rupanya berada di pihak mereka.
Secara sukarela, ia membiarkan pesawat dan mesin gelombang resonansinya dihancurkan untuk melenyapkan seluruh data penelitian.
Langkah ini sengaja diambil guna memutus siklus peperangan, memastikan tak ada lagi militer yang bisa mengendalikan Godzilla atau menyalahgunakan DNA Noriko di masa depan.
Hal tersebut dilakukan sebab militer AS menginginkan mesin gelombang resonansi tersebut untuk mengendalikan Godzilla serta menjadikannya dan napas atomnya sebagai senjata, terutama saat pasukan diperintahkan untuk tidak melukai kaiju itu.
Godzilla pun bebas, meskipun hal tersebut juga mengisyaratkan bahwa ia bisa kembali mengamuk dan menjadi kabar buruk lagi bagi Tokyo.
Saat Godzilla perlahan kembali menghilang ke dasar lautan, Murakami justru ditangkap oleh militer AS sebelum sempat meloloskan diri.
Di tempat lain, Koichi dan Noriko yang bersiap hidup sebagai buronan awalnya berniat meninggalkan anak mereka, Akiko, demi keselamatannya.
Namun keteguhan hati mereka runtuh, dan ketiganya pada akhirnya memilih kabur menantang ketidakpastian bersama-sama sebagai satu keluarga.
