Pemisahan ini dilakukan oleh Museum dan Cagar Budaya untuk meningkatkan aksesibilitas, kenyamanan pengunjung, serta optimalisasi pemanfaatan koleksi bagi para pemustaka.
Perpustakaan Danantara memiliki koleksi sekitar 30.000 buku mencakup berbagai bidang dan klasifikasi ilmu seperti buku pengetahuan umum, buku bertema daerah, buku internasional, buku referensi, buku terbitan Museum Nasional Indonesia, hikayat/sastra lama, dan koleksi inventaris museum.
Perpustakaan ini juga memiliki koleksi unggulan yang dapat menjadi rujukan bagi penelitian sejarah dan kebudayaan, di antaranya koleksi arsip dan terbitan Batavia Genootschap, Serat Centhini dan koleksi sastra Nusantara lama, serta terbitan khusus Museum Nasional Indonesia yang berfokus pada kajian sejarah, budaya, dan benda koleksi museum.
"Di sini kita diwarisi sekitar 30.000 buku, termasuk buku-buku lama, buku-buku tua. Ada notulen dan ada cukup banyak Daghregister, ini adalah semacam catatan jurnal harian di Batavia dari tahun 1600-an, dari zaman VOC sampai era Hindia Belanda. Kemudian ada Tijdschrift, ini adalah majalah-majalah yang terbit di masa-masa Hindia Belanda," kata Fadli.
