Dalam investigasi, ditemukan masalah pemeliharaan pesawat Aloha Airlines. Ada retakan kelelahan (fatigue damage) dan hilangnya daya rekat (disbonding) pada struktur pesawat.

Hal ini menyebabkan kegagalan pada sambungan lap (lap joint) S-10L dan terlepasnya bagian atas badan pesawat. Selain itu, kurangnya pengawasan yang memadai dari manajemen Aloha Airlines terhadap tim pemeliharaannya juga menjadi salah satu faktor juga.