Penetapan tersangka tersebut merupakan hasil dari penyidikan berbasis ilmiah (scientific crime investigation).
Polisi telah memeriksa 54 orang saksi, menganalisis rekaman kamera pengawas (CCTV), rekaman komunikasi, dan data operasi kereta (data logger).
Polda Metro Jaya juga melibatkan Pusat Laboratorium Forensik (Puslabfor) Polri, Ditjen Perkeretaapian, serta berbagai ahli mulai dari kedokteran forensik, perkeretaapian, persinyalan, telekomunikasi, hingga hukum pidana.
Dari analisis data logger, penyidik menemukan fakta terkait keterlambatan pengereman.