Karier kepelatihannya diawali pada 2002 dan lebih banyak dijalani di Negeri Kanguru bersama New South Wales Sapphires, Sydney FC Women hingga timnas putri Australia.

Gelar pertamanya adalah Women's Nation Super League 2003/2004 dengan NSW Sapphires. Lalu saat menakhodai Sydney Women FC, Alen Stajcic mempersembahkan gelar juara pada musim 2009 dan 2012/2013.

Ketika bersama timnas putri Australia, Alen Stajcic membawa timnya sebagai finalis Piala Asia Wanita 2014 dan 2018, hingga tembus perempat final Piala Dunia Wanita 2015.