Setelah itu, Kim Gi-dong meniti karier baru di tim kepelatihan. Ia pernah jadi asisten pelatih Timnas Korea Selatan U-22 dalam kurun 1 Januari 2013 hingga 31 Desember 2013.
Di tahun yang sama, ia juga berstatus asisten pelatih Timnas Korea Selatan U-23 yang ditangani Shin Tae-yong dan sempat ditangani Kim Hak-bum. Namun, kariernya di level U-23 lebih panjang, tepatnya sampai 25 September 2016.
Kim Gi-dong lalu naik menjadi asisten pelatih untuk Timnas Korea Selatan Senior dalam kurun 1 Januari 2015 hingga 26 September 2016. Saat itu, STY juga dipercaya jadi pelatih kepalanya.
Petualangan Kim Gi-dong lalu berlanjut ke klub. Ia menjadi asisten pelatih klub Korea Selatan, Pohang Steelers. Masa baktinya cukup lama, yaitu dari 26 September 2016 hingga 22 April 2019.
Ia kemudian naik pangkat menjadi pelatih kepala Pohang Steelers. Jabatan ini diembannya dalam kurun 23 April 2019 hingga 13 Desember 2023.
