Berdasarkan survei KKP pada 2015 dan 2018, sejumlah ancaman terhadap situs tersebut telah teridentifikasi, antara lain jaring nelayan yang tersangkut pada bangkai kapal, sampah laut, serta risiko kerusakan akibat aktivitas manusia.
Untuk mendukung perlindungan situs, KKP akan membentuk dan melatih tiga kelompok masyarakat pengawas (pokmaswas) di Pulau Panjang, Karangantu, dan Bojonegara.
Kepala Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan KKP I Nyoman Radiarta mengatakan kegiatan program meliputi pelatihan, penyusunan mekanisme pelaporan, pemantauan situs, serta edukasi publik melalui pameran dan kanal digital.
