Perluasan tersebut dilakukan berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia tertanggal 31 Oktober 1957. Pekerjaan perluasan kemudian berlangsung hingga beberapa tahun berikutnya.
Pada perkembangan selanjutnya, jumlah kubah kembali bertambah menjadi tujuh kubah. Masjid juga memiliki beberapa menara.
Salah satu kisah paling terkenal dalam sejarah Masjid Raya Baiturrahman terjadi pada 26 Desember 2004.
Gempa bumi dahsyat yang kemudian disusul tsunami menghantam sebagian besar wilayah pesisir Aceh. Banda Aceh menjadi salah satu wilayah yang mengalami kerusakan sangat parah.
Di tengah kehancuran tersebut, Masjid Raya Baiturrahman tetap berdiri kokoh.
Bangunan masjid mengalami dampak bencana, tetapi secara umum tetap berdiri gagah dibandingkan banyak bangunan lain di sekitarnya. Kawasan masjid juga menjadi tempat berlindung bagi warga yang berhasil menyelamatkan diri dari terjangan tsunami.
Pemandangan Masjid Raya Baiturrahman yang tetap berdiri ketika sebagian besar kawasan di sekitarnya porak-poranda kemudian menjadi salah satu simbol keteguhan masyarakat Aceh.
Masjid Raya Baiturrahman kemudian mengalami pembenahan setelah tsunami. Salah satu revitalisasi besar dilakukan pada periode 2015-2017.
Area halaman masjid ditata kembali dengan penggunaan lantai marmer. Selain itu, dipasang 12 payung elektrik berukuran besar.
Keberadaan payung tersebut membuat halaman masjid terlihat semakin megah. Desainnya juga mengingatkan pada payung elektrik yang terdapat di kawasan Masjid Nabawi di Madinah.
