Lulusan AKABRI 1970 ini mengawali karier militer di pasukan komando. Sejumlah jabatan strategis pernah diembannya, antara lain Komandan Jenderal Kopassus, Panglima Kodam IV/Diponegoro, hingga Kepala Staf TNI Angkatan Darat (KSAD) pada 1998-1999.

Di luar militer, Subagyo pernah menjabat Ketua Umum Persatuan Bulutangkis Seluruh Indonesia (PBSI) periode 1997-2001 dan anggota Dewan Pertimbangan Presiden pada 2015-2019. Ia juga dikenal memiliki hubungan dengan Prabowo Subianto, yang pernah menggantikannya sebagai Danjen Kopassus pada 1995.