Namun, Alice dan beberapa orang yang selamat justru diserang oleh Perusahaan Umbrella. Perusahaan Umbrella menjadi dalang di balik pembuatan dan wabah virus tersebut.
Selain itu, tempat berlindung manusia yang masih sehat malah diserang Jill Valentine (Sienna Guillory), rekan Alice di masa lalu. Serangan terjadi setelah Umbrella mencuci otak sekaligus mengendalikan Valentine.
Serangan itu membuat Alice terlempar ke laut dan sempat berada di bawah pengawasan Valentine. Ketika berhasil kabur, Alice tiba di Tokyo yang juga mulai terinfeksi virus zombie. Di sana, ia mendapat bantuan dari Ada Wong yang sempat menjadi musuhnya.
Namun, Ada Wong mengungkapkan bahwa Umbrella tengah mengerjakan proyek kloning baru di bawah laut. Proyek tersebut hendak dijual ke seluruh dunia. Hal itu membuat Alice bersama orang-orang di sekitarnya harus bergerak cepat untuk menghentikan rencana tersebut.
