Selama masa penugasan Lincoln di laut yang memecahkan rekor durasi tersebut, Angkatan Laut mendapat sorotan tajam terkait kondisi di dalam kapal. Muncul laporan mengenai kekurangan pasokan dan kerusakan sistem saluran air, sementara keluarga para awak kapal menyuarakan kekhawatiran terkait memburuknya kondisi kesehatan mental para personel.

Anggota Kongres dari Partai Demokrat menyatakan kemarahan dan mendesak Angkatan Laut untuk memberikan informasi lebih lanjut mengenai laporan kekurangan pasokan serta masalah kesehatan mental di kapal Lincoln. Pihak Pentagon telah membela kondisi di kapal tersebut.