KNKT juga membuat perhitungan jarak henti KA dengan mempertimbangkan skala kenyamanan penumpang ISO 2631. KNKT menyatakan, jika digunakan perlambatan rata-rata 0,315 m/s², maka jarak pengereman yang dibutuhkan KA untuk berhenti dari kecepatan operasional 115 km/jam adalah dengan jarak 1.620 meter atau dari kecepatan saat kejadian 108 km/jam adalah dengan jarak 1.429 meter.
"Jarak antara sinyal keluar J12 dan Sinyal Blok B104 sebesar 1.781 meter, sedangkan kecepatan KA 4B pada saat itu sekitar 108 km/jam. Berdasarkan perhitungan dengan asumsi perlambatan rata-rata sebesar 0,315 m/s² yang masih berada dalam kategori nyaman menurut skala kenyamanan penumpang ISO 2631, KA 4B memerlukan jarak pengereman sekitar 1.429 m untuk berhenti dari kecepatan tersebut sehingga jarak yang tersedia antara Sinyal Keluar J12 dan Sinyal Blok B104 lebih besar daripada jarak pengereman yang dibutuhkan," tulis KNKT.
Namun KNKT menegaskan kecukupan jarak itu bergantung pada informasi peringatan yang diterima masinis. Dalam laporan ini, KNKT juga menyebut ada kekacauan komunikasi, masalah visibilitas persinyalan, dan sejumlah faktor lain yang berkontribusi pada kecelakaan.
"Apabila masinis tidak memperoleh informasi aspek kuning pada Sinyal Keluar J12, maka masinis tidak mendapatkan peringatan berjalan hati-hati karena akan menghadapi aspek merah indikasi berhenti di Sinyal Blok B104. Akibatnya, proses antisipasi melalui pengurangan kecepatan dan pengereman tidak dapat dimulai sejak melewati Sinyal Keluar J12 sehingga kemampuan kereta untuk berhenti sebelum Sinyal Blok B104 akan ditentukan oleh jarak yang tersisa pada saat masinis pertama kali memperoleh indikasi berhenti dan mulai melakukan tindakan pengereman," tulis KNKT.
KNKT kemudian memberikan sejumlah rekomendasi. Rekomendasi secara rinci ditujukan kepada Direktorat Jenderal Perkeretaapian Kemenhub, PT Kereta Api Indonesia (KAI), PT Kereta Commuter Indonesia (KCI).
Rekomendasi itu antara lain meminta pemerintah mengkaji kembali standar sistem persinyalan perkeretaapian di Indonesia khususnyaterkait urutan aspek persinyalan dengan mempertimbangkan kecepatan sarana, jarak pengereman, perbedaan karakteristik sarana yang melintas, dan faktor keselamatan lainnya. KNKT juga meminta ada evaluasi terhadap pola komunikasi keadaan darurat.
Pembatasan kecepatan KA antarkota dan KA perkotaan di jalur Bekasi-Tambun juga menjadi rekomendasi KNKT. Serta menyatakan kereta api tidak boleh berangkat dari Stasiun Bekasi ke arah Tambun sebelum ada kepastian bahwa kereta api di depannya telah melewati Stasiun Bekasi Timur.
Dalam laporan ini, KNKT juga menguraikan kesimpulan yang dibagi dalam dua poin utama, yakni temuan dan faktor yang berkontribusi. Terdapat 60 poin temuan KNKT terkait kecelakaan ini.
Temuan-temuan itu antara lain, terdapat perbedaan realisasi perjalanan KA dengan Gapeka (Grafik Perjalanan Kereta Api). KNKT menemukan KRL KA 5568A berangkat dari Stasiun Bekasi lebih lambat 8 menit 32 detik. Sementara, KA Anggrek atau KA 4B berangkat lebih awal 3 menit 17 detik dari yang ditetapkan dalam GAPEKA.
Terdapat perbedaan rujukan waktu yang digunakan masing-masing tipe radio komunikasi di Pusat Kendali Kereta Daop 1 Jakarta, logger lokomotif, logger sistem persinyalan, CCTV KA, dan CCTV Pusat Kendali Kereta Daop 1 Jakarta.
Selain itu, KNKT menyebutkan terdapat masalah pada saluran komunikasi. KNKT menyatakan informasi KRL KA 5568A tertahan di Stasiun Bekasi Timur karena ada kerumunan warga seusai kecelakaan KRL dengan taksi listrik tidak tersampaikan ke petugas PPKP Selatan. Hal itu disebut terjadi karena PPKP Selatan sedang melakukan penanganan seusai kecelakaan KRL dengan taksi listrik.
KNKT menyatakan masinis KA 5568A menghubungi PPKP Selatan melalui panggilan individual dan tidak melalui panggilan emergency. KNKT mengatakan keberadaan beberapa sistem operasi dan peralatan komunikasi di PPKP selatan menimbulkan polusi suara.
KNKT juga menyatakan lokomotif KA Anggrek atau KA 4B menggunakan windshield dengan material polycarbonate dengan kondisi saat ini ditemukan banyak goresan wiper dan swirl mark pada permukaan windshield lokomotif. KNKT menyatakan kondisi itu menyebabkan sumber cahaya lampu terlihat tampak lebih berpendar dengan penyebaran cahaya yang signifikan dari kabin lokomotif.
KNKT juga menemukan masinis KA Anggrek belum pernah mendapat pelatihan skenario pengereman darurat. KNKT juga menyebut tidak ada prosedur pengereman darurat saat kecepatan tinggi di rel lengkung.
"Masinis KA 4B belum pernah mendapatkan pelatihan terkait skenario kondisi yang membutuhkan pengereman darurat serta pola atau taktis pengereman darurat (emergency brake). Tidak terdapat prosedur pengereman darurat saat kecepatan tinggi di jalan rel lengkung," tulis KNKT.
