Fathan saat ini menjabat sebagai Anggota BPK RI periode 2024-2029. Sebelum itu, ia merupakan Anggota DPR RI dari Fraksi PKB selama dua periode, sejak 2014 hingga 2024.

Fathan sendiri merupakan aktivis Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII). Saat ini ia juga menjabat Ketua Umum IKA PB PMII.