Selama berkiprah di PMII, Fathan pernah menduduki sejumlah jabatan strategis, mulai dari Ketua Pengurus Cabang PMII Jakarta pada 1995 silam.

Kemudian, Ketua PB PMII pada 1997-1998 silam. Selain itu, Fathan juga tercatat pernah berkiprah di Majelis Ulama Indonesia. Ia pernah duduk sebagai Anggota Departemen Ekonomi dan Pemberdayaan Umat Pengurus Pusat MUI pada 2005 silam.