Penyekatan dilaksanakan secara menyeluruh di dua wilayah kecamatan, yakni Kepulauan Seribu Utara dan Kepulauan Seribu Selatan.
Pengawasan ketat dari jajaran Pospol dan Bhabinkamtibmas dilakukan dintu-pintu keluar perairan di Kepulauan Seribu Utara, meliputi Dermaga Utama Pulau Pramuka, Pulau Kelapa, Pulau Harapan, Pulau Sabira, dan Pulau Panggang.
Sementara di wilayah Kepulauan Seribu Selatan, pemeriksaan penumpang kapal dipusatkan di Dermaga Utama dan Pelabuhan Dishub Pulau Tidung (di bawah kendali Kanit Samapta Polsek KSS Aipda Muhaimin), Pelabuhan Utama Pulau Lancang (dikendalikan Aiptu Rudi), Pelabuhan Utama Pulau Pari (dikendalikan Aiptu Abdul Majid), serta Dermaga Utama Pulau Untung Jawa (dikendalikan Aipda Faizal).
