Dalam tahap awal, Transjakarta akan mengoptimalkan aset yang dimiliki Dinas Perhubungan DKI Jakarta, termasuk kapal, dermaga, dan fasilitas pelabuhan.
Selain itu, pembenahan sistem ticketing dan teknologi layanan akan dilakukan untuk meningkatkan kualitas pelayanan.
Untuk pengembangan jangka panjang, Transjakarta mempertimbangkan pola hub and spoke, yakni kapal berkapasitas besar melayani rute utama dari Jakarta menuju pulau tertentu, kemudian dilanjutkan kapal pengumpan menuju pulau-pulau lainnya.
Menurut Welfizon, pengembangan layanan nantinya tidak hanya menyasar mobilitas penumpang, tetapi juga logistik dan pariwisata.
Transjakarta juga akan mengeksplorasi bisnis pendukung di luar pendapatan tiket seperti kepelabuhanan, logistik, dan pariwisata.
