Ia menjadi penasihat bidang ekonomi di masa pemerintahan Presiden BJ Habibie pada 1998.

Usulan gelar Pahlawan Nasional untuk Frans Seda diajukan pemerintah daerah dan masyarakat NTT. Usulan itu dikaji dalam sejumlah seminar nasional, termasuk di kampus-kampus Katolik di NTT dan Jakarta.