Karier Frans Seda di pemerintahan dimulai ketika dipercaya menjabat Menteri Perkebunan pada 1964. Ia kemudian mendapat tugas sebagai Menteri Pertanian pada 1966 sebelum dipercaya memimpin Kementerian Keuangan pada periode 1966-1968.

Saat Frans Seda menjabat Menteri Keuangan, Indonesia tengah menghadapi persoalan ekonomi serius dengan tingkat inflasi yang sangat tinggi.

Frans Seda melakukan pembenahan kebijakan anggaran, termasuk menerapkan sistem anggaran berimbang untuk membantu menstabilkan kondisi keuangan negara.