Setelah itu, Frans Seda menjabat Menteri Perhubungan pada 1968 hingga 1973. Ia juga pernah menjadi Duta Besar Indonesia untuk Belgia dan Luksemburg serta perwakilan Indonesia pada Masyarakat Ekonomi Eropa. Ia turut berkontribusi dalam dunia pendidikan melalui Yayasan Atma Jaya Jakarta.
Frans Seda meninggal dunia di Jakarta pada 31 Desember 2009. Berbagai peran yang pernah dijalankannya, mulai dari perjuangan kemerdekaan, pemerintahan, ekonomi, hingga pendidikan, menjadi bagian dari perjalanan pengabdiannya kepada Indonesia.
Pemerintah menganugerahkan gelar Pahlawan Nasional kepada 19 tokoh bertepatan dengan peringatan Hari Pahlawan pada 10 November 2026. Upacara penganugerahan dipimpin langsung Presiden RI Prabowo Subianto di Istana Negara, Jakarta, Selasa (10/11) siang.
