Suatu hari, Mitsuha terbangun di ruangan yang bukan miliknya dan mendapati dirinya berada di Tokyo namun dalam tubuh lelaki.
Sementara di tempat lain, Taki mendapati dirinya berada di tubuh Mitsuha yang tinggal di desa Itomori, dekat gunung di pedalaman Gifu.
Kedua remaja itu kebingungan karena harus bertukar tubuh, padahal mereka tidak saling mengenal. Ditambah lagi, keduanya terpisah jarak.
Untuk mencari tahu kejadian aneh yang dialami keduanya, mereka sadar jika berada di tubuh yang salah dan berusaha mencari satu sama lain.
Seiring dengan berjalannya waktu, Mitsuha dan Taki semakin terbiasa dengan pertukaran tubuh mereka hingga mulai masuk di kehidupan satu sama lain.
