Brian Uriarte dan Hakim Danish dipastikan akan start di baris terdepan setelah mengamankan posisi dua dan tiga berturut-turut. Almansa, yang memuncaki sebagian besar sesi ini, harus puas start dari grid keempat di depan Alvaro Carpe dan Mateo Bartelle.

Sementara itu, Veda Ega Pratama kesulitan menaikkan posisinya dari peringkat sembilan. Akan tetapi, jelang kualifikasi berakhir Veda membukukan putaran tercepatnya untuk menyudahi di posisi delapan, di belakang Joel Kelso,.

Adrian Fernandez dan David Munoz melengkapi 10 besar grid Moto3 Malaysia 2026.