Mahkamah Agung kerap menuai kritik tajam dari kubu politik kanan, terutama terkait vonis pada 2025 terhadap mantan Presiden Jair Bolsonaro-ayah Flavio-atas tuduhan merencanakan kudeta. Lembaga ini juga terseret dalam skandal penipuan besar-besaran yang mendominasi minggu-minggu terakhir kampanye pemilihan presiden.
Sebelumnya, seorang pria tewas dalam aksi bom bunuh diri di depan gedung pengadilan tersebut pada November 2024. Gedung pengadilan itu juga menjadi sasaran kerusuhan kelompok kanan pada 8 Januari 2023, ketika para pendukung Jair Bolsonaro menyerbu sejumlah gedung lembaga pemerintahan.
Mahkamah Agung kemudian menyatakan peristiwa tersebut sebagai upaya kudeta terhadap kemenangan pemilihan presiden Lula atas Bolsonaro senior pada tahun itu.
