Di posisi itulah Subagyo menjadi komandan Prabowo yang saat itu berpangkat bintang satu sebagai wakil komandan jenderal (Wadanjen Kopassus)

Setelah itu, posisi Subagyo sebagai Danjen Kopassus digantikan oleh Prabowo.

Karir Subagyo pun semakin meroket hingga akhirnya dia berhasil menjabat sebagai KSAD pada Februari 1998 sampai 1999 November.

Subagyo juga tercatat sebagai satu satunya jenderal angkatan darat yang menjabat KSAD di tiga periode presiden yakni Soeharto, BJ Habibie, dan Abdurrahman Wahid (Gus Dur).