Sementara itu, program transisi bahan bakar dari B35 menuju B50 ditargetkan menyumbang reduksi sekitar 133.676 ton CO₂e, atau sekitar 80 persen dari keseluruhan target tiga program dekarbonisasi KAI.
Implementasi B50 mulai dijalankan secara bertahap sejak 1 Juli 2026 pada sarana diesel KAI. B50 merupakan bahan bakar dengan kandungan 50 persen biodiesel berbasis nabati dan 50 persen diesel, yang digunakan sebagai bagian dari kebijakan transisi energi sekaligus upaya menekan konsumsi bahan bakar fosil.
Penggunaan B50 menjadi relevan karena operasional kereta api masih memerlukan bahan bakar untuk lokomotif dan sarana diesel pada sejumlah lintasan.