Kehadiran eceng gondok secara masif ini juga dapat mengganggu ekosistem perairan hingga memicu matinya populasi ikan dan biota air lainnya.

Selain merusak lingkungan air, tumpukan tanaman liar ini menciptakan habitat ideal bagi perkembangan nyamuk dan pelbagai jenis hama.

Kondisi tersebut meningkatkan risiko penyebaran penyakit menular seperti demam berdarah maupun malaria bagi masyarakat di sekitarnya.