Hubungannya dengan Diponegoro kemudian merenggang karena perbedaan pandangan mengenai arah perjuangan. Pada 12 November 1828, Kiai Modjo bersama sekitar 400 pengikutnya ditangkap Belanda di wilayah Babadan, dekat lereng Gunung Merapi.

Ia kemudian dibawa ke Batavia sebelum diasingkan ke Tondano, Minahasa, Sulawesi Utara. Selama pengasingan, Kiai Modjo tetap berdakwah hingga meninggal dunia pada 20 Desember 1849. Para pengikutnya kemudian menetap dan membentuk komunitas Jawa Tondano.