Dalam Pasal 7 Perpres tersebut, Ditjen Pesantren masuk dalam susunan organisasi Kementerian Agama.
Ketentuan tersebut kemudian diperkuat dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 16 Tahun 2026 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 33 Tahun 2024 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama yang ditetapkan pada 4 Agustus 2026.
PMA tersebut mengatur Ditjen Pesantren sebagai satuan kerja tersendiri dalam struktur Kementerian Agama.
Sementara itu, penetapan Basnang Said sebagai Direktur Jenderal Pesantren tertuang dalam Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 114/TPA Tahun 2026 yang ditetapkan di Jakarta pada 10 September 2026. Basnang kemudian dilantik Nasaruddin sebagai Dirjen Pesantren pertama pada Selasa (15/9).