Mereka menilai kondisi tersebut berpotensi melemahkan supremasi sipil dan menimbulkan ketidaksetaraan dalam penegakan hukum.
Para pemohon juga menyoroti frasa "mengadili tindak pidana" dalam Pasal 9 angka 1 UU Peradilan Militer yang dinilai membuka ruang penafsiran luas terhadap kewenangan pengadilan militer.
Menurut mereka, kewenangan tersebut tidak hanya mencakup tindak pidana militer dan pelanggaran disiplin, tetapi juga perkara pidana umum, seperti korupsi, tindak pidana narkotika, kekerasan dalam rumah tangga, serta tindak pidana terhadap anak.
Persoalan yurisdiksi itu juga berkaitan dengan Pasal 65 ayat (2) UU Nomor 34 Tahun 2004 tentang TNI yang mengatur prajurit tunduk pada peradilan militer untuk pelanggaran hukum pidana militer dan peradilan umum untuk pelanggaran hukum pidana umum.
Namun, Pasal 74 UU TNI mengaitkan pelaksanaan ketentuan tersebut dengan pemberlakuan undang-undang tentang peradilan militer yang baru.
Melalui putusan tersebut, MK memerintahkan penataan menyeluruh sistem peradilan militer agar pembagian kewenangan mengadili prajurit TNI memiliki dasar hukum yang jelas dan selaras dengan konstitusi.
