MK kemudian mengungkit prinsip impunitas atau keadaan ketika pelaku pelanggaran tidak dapat atau tidak secara efektif dimintai pertanggungjawaban. Menurut MK, semakin jauh suatu tindak pidana dari karakter khusus kemiliteran, makin lemah pula alasan untuk mempertahankannya dalam yurisdiksi peradilan militer.
"Oleh karena itu, pembatasan yurisdiksi peradilan militer bukan dimaksudkan untuk mengurangi kedudukan peradilan militer sebagai bagian dari kekuasaan kehakiman, melainkan untuk memastikan bahwa kekhususannya digunakan hanya terhadap perkara yang memang memiliki karakter militer. Sebaliknya, terhadap tindak pidana umum yang dilakukan oleh prajurit TNI, penggunaan peradilan umum sejalan dengan kebutuhan untuk menjamin akuntabilitas, independensi, dan mencegah risiko impunitas," ujar Enny.
MK juga memberi panduan lain terkait revisi UU tersebut. MK mengatakan selama ini peradilan militer belum terintegrasi sepenuhnya menjadi bagian dari pelaku kekuasaan kehakiman yang berada di bawah MA.
"Bahwa di samping fakta hukum belum adanya kejelasan pembatasan pengertian tindak pidana militer dan tindak pidana umum yang dilakukan oleh prajurit TNI, termasuk yurisdiksi kewenangan mengadili berkenaan dengan tindak pidana dimaksud, Mahkamah secara faktual juga mendapatkan fakta hukum bahwa eksistensi peradilan militer saat ini belum terintegrasi sepenuhnya menjadi bagian dari pelaku kekuasaan kehakiman yang berada di bawah Mahkamah Agung," kata hakim MK Enny Nurbaningsih.
MK menyatakan hakim peradilan militer belum sepenuhnya berada di bawah MA. Menurut MK, peradilan militer belum sepenuhnya melepaskan proses rekrutmen, pengangkatan hingga administrasi pembinaan karir personel dari Panglima TNI.
"Badan-badan peradilan yang berada di bawah Mahkamah Agung hanya lingkungan peradilan militer yang belum sepenuhnya melepaskan perekrutan, pengangkatan, administrasi pembinaan karier personil yang masih di bawah Panglima TNI," ujar Enny.
MK mengatakan integrasi penuh peradilan militer ke MA menjadi bagian penting yang harus dirumuskan pembentuk UU dalam perubahan UU Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer. MK meminta pengintegrasian diakomodir untuk mewujudkan sistem peradilan satu atap di bawah MA.
"Oleh karena itu, melalui putusan a quo, Mahkamah juga menegaskan ikhwal tersebut menjadi bagian penting yang harus dirumuskan oleh pembentuk undang-undang pada perubahan Undang-Undang 31/1997 agar juga mengakomodir pengintegrasian dimaksud guna mewujudkan sistem peradilan satu atap sebagai bagian dari pengejawantahan semangat reformasi dan amanat Undang-Undang 4/2004 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang 48/2009," ujar Enny.
Wakil Panglima TNI Jenderal Maruli Simanjuntak merespons putusan MK tersebut. Maruli mengatakan akan mempelajari putusan MK yang meminta UU Peradilan Militer untuk direvisi.
