Sheikh Mohammed kembali mengutuk serangan Israel ke Doha pada 9 September 2025, yang menargetkan pejabat Hamas saat Qatar sedang melakukan upaya mediasi. Serangan tersebut menewaskan lima anggota Hamas dan seorang petugas keamanan Qatar.

"Kami diserang oleh Israel ketika kami sedang melakukan mediasi. Netanyahu telah melewati batas, sebagaimana sebelumnya dia juga telah melewati batas-batas lainnya," katanya.

Perdana menteri itu menggambarkan serangan tersebut sebagai serangan yang belum pernah terjadi sebelumnya terhadap pihak mediator.

Meskipun ketegangan meningkat, dia mengatakan Qatar akan terus memprioritaskan diplomasi, karena keterlibatan melalui jalur tertutup tetap menjadi cara paling efektif untuk mencapai kemajuan.