Almarhum juga pernah menjabat sebagai anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) pada Januari 2015 hingga 20 Oktober 2019.
Almarhum Subagyo H.S. wafat di Rumah Sakit Panti Rapih, Yogyakarta, pada Senin, 19 Oktober 2026, pukul 16.20 WIB.
Almarhum dikenang sebagai salah satu putra terbaik bangsa yang mendedikasikan kehidupannya bagi negara, khususnya melalui pengabdian panjang di lingkungan TNI.
Setelah beberapa saat berada di ruang persemayaman, Presiden Prabowo kemudian menuju ruang tunggu untuk mengikuti rangkaian prosesi berikutnya. Jenazah selanjutnya diturunkan untuk melanjutkan prosesi penghormatan terakhir.
Kehadiran Presiden Prabowo di Mabesad menjadi penghormatan negara atas dedikasi panjang Jenderal Subagyo H.S., seorang prajurit yang turut mengawal perjalanan bangsa pada masa perubahan.
