Setelah pensiun dari TNI, Widodo AS kemudian menjabat sebagai Menko Polhukam di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Dia menjabat sejak 21 Oktober 2004 hinga 20 Oktober 2009.

Widodo AS juga tercatat pernah menjabat sebagai anggota Dewan Pertimbangan Presiden di periode kedua pemerintahan SBY, tepatnya dari tahun 2009 sampai tahun 2014.