Pada 1943, Soengkono bergabung dengan tentara Pembela Tanah Air (PETA) di Banyumas. Dua tahun kemudian, Ia diangkat menjadi komandan kompi dengan pangkat kapten dan ditempatkan di Daichi Daidan Surabaya.
Setelah Indonesia merdeka, Soengkono memimpin upaya merebut kekuasaan dan melucuti senjata tentara Jepang pada September 1945. Ia kemudian dipercaya menjadi komandan BKR Surabaya dan mengorganisasi para mantan anggota PETA, Heiho, KNIL, serta pemuda pejuang.
Dalam upaya mendapatkan persenjataan, Soengkono memilih jalur diplomasi dengan tentara Jepang. Langkah tersebut berhasil membuat BKR memperoleh senjata tanpa pertumpahan darah. Persenjataan itu kemudian menjadi bekal pasukan Indonesia menghadapi ancaman Sekutu.
