Karier militernya terus berkembang hingga menjadi Panglima Divisi VI TRI dan Gubernur Militer Jawa Timur pada 1948. Ia juga mendapat tugas memimpin penumpasan pemberontakan PKI Madiun. Setelah pemberontakan berhasil ditumpas, ia dilantik menjadi Panglima Divisi I Jawa Timur.
Saat Belanda kembali melancarkan agresi militer pada Desember 1948, Soengkono memimpin pasukan menghadapi serangan di Jawa Timur. Pada 24 Desember 1949, ia kembali ke Surabaya setelah Belanda menyerahkan kota tersebut kepada pasukan Indonesia.
Setelah perang kemerdekaan, Soengkono bertugas di Jakarta dan menjabat Inspektur Jenderal Pengawasan Umum Angkatan Darat pada 1958. Ia pensiun pada 1968, kemudian wafat pada 12 September 1977 dan dimakamkan di TMP Kalibata, Jakarta.
