Salah satu pernyataan Soejono mengenai posisi Indonesia pascaperang juga menjadi sorotan. Penentuan sikap tentang posisi Indonesia dianggap penting untuk diketahui oleh sekutu orang Belanda dan orang Indonesia.
Saat itu, Soejono mengajukan dua nota pada Oktober 1942. Ia menyatakan bahwa di kalangan luas masyarakat Indonesia terdapat keinginan yang terpendam dan serius untuk memutuskan hubungan dengan Negeri Belanda. Karena itu, menurut Soejono, pernyataan-pernyataan Belanda haruslah cukup jauh untuk menjamin lahirnya kebersamaan sukarela dalam ikatan ketatanegaraan. Bagi Soejono, ini berarti pengakuan secara prinsip terhadap hak Indonesia untuk menentukan nasib sendiri.
Namun ternyata tak seorang pun di tim redaksi rekan-rekannya di Belanda menerima pendapat tersebut. Soejono sampai tiga kali usul kepada rekan-rekannya, khususnya menteri-menteri dari SDAP (Sociaal-Democratische Arbeiderspartij), tapi sia-sia.
Meski ditolak, Soejono beranggapan bahwa ia tak perlu mengendurkan diri. Sampai akhirnya, Soejono meninggal beberapa bulan kemudian, tanggal 5 Januari 1943, pada usia 56 tahun.
Perjuangannya dalam bersuara sebagai warga Indonesia di Belanda, akan terus diingat. Sampai saat ini, Soejono masih jadi warga Indonesia satu-satunya yang pernah sejajar dengan orang Eropa menduduki jabatan di pemerintahan Belanda.
