Ia juga pernah menjadi anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) periode 2009-2014. Dalam perjalanan karier militernya, Widodo tercatat sebagai Panglima TNI pertama yang berasal dari matra Angkatan Laut (AL).
Selain itu, Widodo tercatat sebagai warga kehormatan Korps Marinir ke-10 pada 27 Juli 1999.
Widodo diangkat menjadi Panglima TNI oleh Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid atau Gus Dur pada 1999. Ia menggantikan Jenderal TNI Wiranto.
Masa jabatannya berakhir pada 18 Juni 2002 dan kemudian digantikan Jenderal TNI Endriartono Sutarto.