Setelah itu, Widodo dipercaya Presiden ke-5 RI Megawati Soekarnoputri untuk memimpin Tim Nasional Penanggulangan Dampak Situasi Irak (TNPDSI).
Sebelum menduduki jabatan tertinggi di TNI, Widodo memiliki pengalaman panjang di lingkungan militer. Salah satu catatan penting dalam perjalanan kariernya adalah ketika memimpin Operasi Aru Jaya pada 11 Maret 1992.
Saat itu, Widodo berpangkat Kolonel Laut (P). Operasi tersebut bertujuan menghalau kapal Lusitania Expresso yang hendak melakukan tabur bunga di Dili, Timor-Timur.
Pengalaman memimpin operasi tersebut menjadi salah satu bagian dari perjalanan karier Widodo di TNI AL sebelum ia dipercaya memimpin seluruh jajaran TNI.
